Analyse du transcriptome du champignon Magnaporthe oryzae et d'une bactérie du genre Burkholderia mis en confrontation in vitro

BGPI : équipe 5 ; National audience ; La plante héberge de nombreux microorganismes comme nsauxou pathogènes, au niveau de la phyllosphère ou de la rhizosphère. Ces microorganismes interagissent avec la plante mais aussi entre eux. Les interactions négatives entre micro-organismes, ou antibiose, pourraient être utilisés en lutte biologique. Différents mécanismes d'action chez des bactéries capables d'inhiber la croissance de champignons ont été décrits, soit directs (sécrétion d'antibiotiques, d'enzymes extracellulaires ou d'autres molécules antifongiques),soit indirects (compétition interspécifique pour les nutriments, induction d'une résistance systémique). Ce projet vise à étudier, par une approche de co-transcriptome, l'action antagoniste (démontrée in vitro) dela bactérie Burkholderia gladiolii (Bg) régulièrement trouvée dans la phyllosphère du riz, sur le champignon phytopathogène Magnaporthe oryzae (Mo)responsable de la pyriculariose du riz. Nous avons extrait les ARN totaux deMo et de Bg après 3 jours de confrontation en boîte de Pétri, en comparaison de situations témoins (cultures seules des deux organismes). Ces transcriptomes vont être séquencés avec la technique RNAseq. Nous allons comparer le transcriptome de chaque condition (témoin et confrontation). Ceci nous permettra de déterminer les gènes bactériens différentiellement exprimés au cours de l'antibiose. Les candidats possibles incluent les systèmes de sécrétion, les voies de synthèse des enzymes chitinolytiques, ou du métabolisme secondaire. Nous déterminerons également les gènes fongiques impliqués dans la perception et la réponse à la présence de la bactérie. Les candidats possibles incluent les gènes du métabolisme des glucides, de la réponse au stress, des oxydoréductases, les gènes impliqués dans la reconnaissance du soi, et des cascades de signalisation des champignons. Les résultats de ce travail pourront contribuer à l'élaboration de méthodes de biocontrôle pour aider à réduire l'utilisation des produits phytosanitaires sur le riz.