ggsashimi: Sashimi plot revised for browser- and annotation-independent splicing visualization.

Garrido-Martín, D ; Palumbo, E ; et al.

In: PLoS computational biology, Jg. 14 (2018-08-17), Heft 8, S. e1006360

academicJournal

We present ggsashimi, a command-line tool for the visualization of splicing events across multiple samples. Given a specified genomic region, ggsashimi creates sashimi plots for individual RNA-seq experiments as well as aggregated plots for groups of experiments, a feature unique to this software. Compared to the existing versions of programs generating sashimi plots, it uses popular bioinformatics file formats, it is annotation-independent, and allows the visualization of splicing events even for large genomic regions by scaling down the genomic segments between splice sites. ggsashimi is freely available at https://github.com/guigolab/ggsashimi. It is implemented in python, and internally generates R code for plotting.

Competing Interests: The authors have declared that no competing interests exist.

Titel:	ggsashimi: Sashimi plot revised for browser- and annotation-independent splicing visualization.
Autor/in / Beteiligte Person:	Garrido-Martín, D ; Palumbo, E ; Guigó, R ; Breschi, A
Zeitschrift:	PLoS computational biology, Jg. 14 (2018-08-17), Heft 8, S. e1006360
Veröffentlichung:	San Francisco, CA : Public Library of Science, [2005]-, 2018
Medientyp:	academicJournal
ISSN:	1553-7358 (electronic)
DOI:	10.1371/journal.pcbi.1006360
Schlagwort:	Alternative Splicing Animals Computers Genome Genomics Humans RNA Splicing physiology Software Computational Biology methods Sequence Analysis, RNA methods Single-Cell Analysis methods
Sonstiges:	Nachgewiesen in: MEDLINE Sprachen: English Publication Type: Journal Article; Research Support, Non-U.S. Gov't Language: English [PLoS Comput Biol] 2018 Aug 17; Vol. 14 (8), pp. e1006360. <i>Date of Electronic Publication: </i>2018 Aug 17 (<i>Print Publication: </i>2018). MeSH Terms: Computational Biology / methods ; Sequence Analysis, RNA / methods ; Single-Cell Analysis / *methods ; Alternative Splicing ; Animals ; Computers ; Genome ; Genomics ; Humans ; RNA Splicing / physiology ; Software References: Nat Methods. 2010 Dec;7(12):1009-15. (PMID: 21057496) ; Brief Bioinform. 2013 Mar;14(2):178-92. (PMID: 22517427) ; Nature. 2012 Sep 6;489(7414):57-74. (PMID: 22955616) ; Nat Rev Mol Cell Biol. 2013 Mar;14(3):153-65. (PMID: 23385723) ; Bioinformatics. 2015 Jul 15;31(14):2400-2. (PMID: 25617416) ; Science. 2015 May 8;348(6235):648-60. (PMID: 25954001) Entry Date(s): Date Created: 20180818 Date Completed: 20181228 Latest Revision: 20181228 Update Code: 20231215 PubMed Central ID: PMC6114895

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