Einzeltreffer — DigiBib

We present a simple Python library to construct models of polypeptides from scratch. The intended use case is the generation of peptide models with pre-specified backbone angles. For example, using our library, one can generate a model of a set of amino acids in a specific conformation using just a few lines of python code. We do not provide any tools for energy minimization or rotamer packing, since powerful tools are available for these purposes. Instead, we provide a simple Python interface that enables one to add residues to a peptide chain in any desired conformation. Bond angles and bond lengths can be manipulated if so desired, and reasonable values are used by default.

Titel:	PeptideBuilder: A simple Python library to generate model peptides.
Autor/in / Beteiligte Person:	Tien, MZ ; Sydykova, DK ; Meyer, AG ; Wilke, CO
Zeitschrift:	PeerJ, Jg. 1 (2013-05-21), S. e80
Veröffentlichung:	Corte Madera, CA : PeerJ Inc., 2013
Medientyp:	academicJournal
ISSN:	2167-8359 (print)
DOI:	10.7717/peerj.80
Sonstiges:	Nachgewiesen in: MEDLINE Sprachen: English Publication Type: Journal Article Language: English [PeerJ] 2013 May 21; Vol. 1, pp. e80. <i>Date of Electronic Publication: </i>2013 May 21 (<i>Print Publication: </i>2013). References: Bioinformatics. 2009 Jun 1;25(11):1422-3. (PMID: 19304878) ; BMC Bioinformatics. 2008 Jan 23;9:40. (PMID: 18215316) ; Bioinformatics. 2006 Nov 1;22(21):2695-6. (PMID: 16940322) ; Bioinformatics. 2003 Nov 22;19(17):2308-10. (PMID: 14630660) ; Curr Protoc Bioinformatics. 2006 Oct;Chapter 5:Unit-5.6. (PMID: 18428767) ; Bioinformatics. 2010 Mar 1;26(5):689-91. (PMID: 20061306) ; Electrophoresis. 1997 Dec;18(15):2714-23. (PMID: 9504803) ; Methods Enzymol. 2011;487:545-74. (PMID: 21187238) ; Structure. 2011 Jun 8;19(6):844-58. (PMID: 21645855) Grant Information: R01 GM088344 United States GM NIGMS NIH HHS Contributed Indexing: Keywords: Computational biology; Model peptides; Molecular modeling; Protein structure Entry Date(s): Date Created: 20130530 Date Completed: 20130530 Latest Revision: 20211021 Update Code: 20240513 PubMed Central ID: PMC3661355

Klicken Sie ein Format an und speichern Sie dann die Daten oder geben Sie eine Empfänger-Adresse ein und lassen Sie sich per Email zusenden.

BibTeX Citavi, JabRef, u.a.
(Literaturverwaltung)

PDF kein Volltext!
(Merkzettel, Notizen)

RIS Endnote, Citavi u.a.
(Literaturverwaltung)

MODS
(XML zur Weiterverarbeitung)

oder

Wählen Sie das für Sie passende Zitationsformat und kopieren Sie es dann in die Zwischenablage, lassen es sich per Mail zusenden oder speichern es als PDF-Datei.

Gewünschter Zitations-Stil:

oder

Bitte prüfen Sie, ob die Zitation formal korrekt ist, bevor Sie sie in einer Arbeit verwenden. Benutzen Sie gegebenenfalls den "Exportieren"-Dialog, wenn Sie ein Literaturverwaltungsprogramm verwenden und die Zitat-Angaben selbst formatieren wollen.

PeptideBuilder: A simple Python library to generate model peptides.