Associations of XRCC4, eNOS, and PER3 VNTR variants with Childhood Acute Lymphoblastic Leukemia in Turkish Patients.

Objective: The genetic factors responsible for the etiopathogenesis of childhood acute leukemia have been extensively investigated. Highresolution expression analysis of the whole genome, and results of gene studies including whole genome sequencing, copy number changes of DNA, loss of heterozygosity and epigenetic changes revealed the classification of acute lymphoblastic leukemia (ALL). A variable number of tandem repeats (VNTRs) can regulate many biological processes, including gene transcription, protein function, morphological development, and cancer formation. They may also play a role in many disorders in humans such as labile repeat expansions. In this paper, our aim was to compare the genotype and allele frequencies in VNTR variants of XRCC4, eNOS, and PER3 between pediatric ALL patients and healthy controls. Methods: Seventy-four high-risk pediatric ALL patients (82.4% B-ALL, 17.6% T-ALL) who were consecutively admitted to the Pediatric Hematology Units of İstanbul Medical Faculty and Yeni Yuzyıl Medical Faculty and 100 healthy volunteers were included in this case-control study. VNTRs of three genes were analyzed using the polymerase chain reaction method. Results: The frequency of the eNOS VNTR 4a/4a genotype was found to be higher in the pediatric patients with ALL compared to the healthy controls (p=0.044) and the risk factor for childhood ALL was found to be 8.382 (95% confidence interval =0.985-71.262). The frequency of eNOS 4/a allele was found to be higher in the childhood ALL group compared to the controls (p=0.013). The frequencies of the 5R/5R genotype and 5R allele of the PER3 VNTR were found to be significantly lower in the childhood ALL patients (p=0.039 and p=0.015, respectively). Conclusion: Our results show that functional variants of the eNOS and PER3 genes may have an important relationship with the etiopathogenesis of childhood ALL. Further studies including larger groups and different ethnic populations are needed to determine the effect of VNTR variants on the risk of developing childhood ALL. [ABSTRACT FROM AUTHOR]

Amaç: Çocukluk çağı akut lösemi etiyopatogenezinden sorumlu olan genetik faktörler kapsamlı bir şekilde araştırılmıştır. Tüm genomun yüksek çözünürlüklü ekspresyon analizi, ve tüm genom dizilimi, DNA'nın kopya sayısı değişiklikleri, heterozigotluk kaybı, epigenetik değişiklikler gibi gen çalışmalarının sonuçları, tüm akut lenfoblastik lösemi (ALL) hastalarının sınıflandırılabilmesini sağladı. Değişken sayıda tandem tekrarları (VNTR) gen transkripsiyonu, protein fonksiyonu, morfolojik gelişim, kanser davranışı ve fizyoloji gibi birçok biyolojik süreci modüle edebilirler. İnsanlarda, kararsız tekrar açılımlarını da içeren birçok bozukluktan da sorumlu olabilirler. Bu çalışmada çocukluk çağı ALL'li hastalarda XRCC4, eNOS ve PER3'ün VNTR varyantlarındaki genotip ve alel frekanslarını sağlıklı kontrollerle karşılaştırmayı amaçladık. Gereç ve Yöntem: İstanbul Tıp Fakültesi Pediatrik Hematoloji Ünitelerine ve Yeni Yüzyıl Tıp Fakültesi'ne ardışık olarak başvuran toplam 74 yüksek riskli çocukluk çağı ALL hastası (%82,4 B-ALL, %17,6 T-ALL) ve 100 sağlıklı gönüllü bu olgu-kontrol çalışmasına dahil edildi. Polimeraz zincir reaksiyonu yöntemi kullanılarak üç gen VNTR bölgesi analiz edildi. Bulgular: Çocukluk çağı ALL'li olgular sağlıklı kontrollere göre daha yüksek eNOS VNTR 4a/4a genotipine sahipti (p=0,044) ve çocukluk çağı ALL'si için (Olasılık oranı: 8.382 %95 güven aralığı =0.985-71.262) risk faktörü olarak gösterildi. eNOS 4a alelinin sıklığı, çocukluk çağı ALL grubunda kontrollere göre daha yüksekti (p=0,013). Çocukluk çağı ALL hastalarında sırasıyla PER3 VNTR'nin 5R/5R genotipi ve 5R alelinin frekansları önemli ölçüde daha düşük saptandı (p=0,039, p=0,015). Sonuç: Sonuçlarımız, eNOS ve PER3 genlerinin fonksiyonel varyantlarının çocukluk çağı ALL etiyopatogenezi ile önemli bir ilişkisi olabileceğini düşündürmektedir. VNTR varyantlarının çocukluk çağı ALL gelişme riski üzerindeki etkisini belirlemek için daha büyük gruplar ve farklı etnik kökenler ile daha ileri çalışmalara ihtiyaç vardır. [ABSTRACT FROM AUTHOR]