Molecular identification of Paramphistomidae obtained from ruminants in Van province.

This study was aimed to identify Paramphistomum species from infected ruminants (sheep and cattle) by molecular methods between March 2018 and September 2018 at Van municipality slaughterhouse. In the research, the rDNA ITS-2 gene region of adult Paramphistomums was amplified by PCR method. Amplicons 399 bp long were viewed in agarose gel. As a result of bidirectional sequence analysis made from PCR amplicons, Paramphistomum leydeni and Calicophoron daubneyi species were identifyed. Amplicon sequences were compared by BLAST with reference sequences from Genbank. Phylogenetic tree was created with the Neighbor-Joining method by using the MEGA 7 program. Genotypes obtained from isolates were compared for exact or closest similarities. In conclusion, C. daubneyi, which was previously detected by morphological methods in Turkey, in this study, it was identified for the first time by using molecular methods. Also in this study, P. leydeni was reported for the first time in Turkey. [ABSTRACT FROM AUTHOR]

Bu çalışmada, Mart 2018-Eylül 2018 tarihleri arasında Van belediyesi mezbahasında enfekte ruminantlardan (koyun ve sığır) elde edilen Paramphistomum türlerinin moleküler yöntem kullanılarak belirlenmesi amaçlanmıştır. Araştırmada, erişkin Paramphistomum'ların rDNA ITS-2 gen bölgesi PCR yöntemi ile çoğaltıldı. Agaroz jelde, 399 bp uzunluğunda amplikonlar görüntülendi. PCR amplikonlarından yapılan çift yönlü sekans analizi sonucunda Paramphistomum leydeni ve Calicophoron daubneyi türleri belirlendi. Amplicon dizileri, BLAST ile Genbank'taki referans dizilerle karşılaştırıldı. MEGA 7 programı kullanılarak Neighbor-Joining yöntemi ile filogenetik ağaç oluşturuldu. İzolatlardan elde edilen genotipler tam yada en yakın benzerlikleri karşılaştırıldı. Sonuç olarak, Türkiye'de daha önce morfolojik yöntemlerle tespit edilen C. daubneyi, bu çalışmada moleküler yöntemler kullanılarak ilk kez tespit edildi. Ayrıca bu çalışmada, Türkiye'de ilk kez P. leydeni bildirildi. [ABSTRACT FROM AUTHOR]