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73 Treffer

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    Efficient cytometry analysis with FlowSOM in Python boosts interoperability with other single-cell tools.
    Couckuyt, A ; Rombaut, B ; et al.
    In: Bioinformatics (Oxford, England), Jg. 40 (2024-03-29), Heft 4
    academicJournal
    Wie komme ich dran?
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    Scedar: A scalable Python package for single-cell RNA-seq exploratory data analysis.
    Zhang, Y ; Kim, MS ; et al.
    In: PLoS computational biology, Jg. 16 (2020-04-27), Heft 4, S. e1007794
    academicJournal
    Wie komme ich dran?
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    microMS: A Python Platform for Image-Guided Mass Spectrometry Profiling.
    Comi, TJ ; Neumann, EK ; et al.
    In: Journal of the American Society for Mass Spectrometry, Jg. 28 (2017-09-01), Heft 9, S. 1919-1928
    academicJournal
    Wie komme ich dran?
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    The need to reassess single-cell RNA sequencing datasets: more is not always better.
    Ascensión, AM ; Araúzo-Bravo, MJ ; et al.
    In: F1000Research, Jg. 10 (2021-08-06), S. 767
    academicJournal
    Wie komme ich dran?
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    The need to reassess single-cell RNA sequencing datasets: the importance of biological sample processing.
    Ascensión, AM ; Araúzo-Bravo, MJ ; et al.
    In: F1000Research, Jg. 10 (2021-08-06), S. 767
    academicJournal
    Wie komme ich dran?
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    Benchmarking principal component analysis for large-scale single-cell RNA-sequencing.
    Tsuyuzaki, K ; Sato, H ; et al.
    In: Genome biology, Jg. 21 (2020-01-20), Heft 1, S. 9
    academicJournal
    Wie komme ich dran?
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    Single Cell Explorer, collaboration-driven tools to leverage large-scale single cell RNA-seq data.
    Feng, D ; Whitehurst, CE ; et al.
    In: BMC genomics, Jg. 20 (2019-08-27), Heft 1, S. 676
    academicJournal
    Wie komme ich dran?
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    Integrated analysis of single-cell RNA sequencing and bulk RNA data reveals gene regulatory networks and targets in dilated cardiomyopathy.
    Zhang, M ; Zhang, X ; et al.
    In: Scientific reports, Jg. 14 (2024-06-17), Heft 1, S. 13942
    academicJournal
    Wie komme ich dran?
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    SIMBA: single-cell embedding along with features.
    Chen, H ; Ryu, J ; et al.
    In: Nature methods, Jg. 21 (2024-06-01), Heft 6, S. 1003-1013
    academicJournal
    Wie komme ich dran?
  10. Detailansicht für Treffer 10 öffnen
    Inferring gene regulatory networks from single-cell transcriptomics based on graph embedding.
    Gan, Y ; Yu, J ; et al.
    In: Bioinformatics (Oxford, England), Jg. 40 (2024-05-02), Heft 5
    academicJournal
    Wie komme ich dran?
  11. Detailansicht für Treffer 11 öffnen
    scTPC: a novel semisupervised deep clustering model for scRNA-seq data.
    Qiu, Y ; Yang, L ; et al.
    In: Bioinformatics (Oxford, England), Jg. 40 (2024-05-02), Heft 5
    academicJournal
    Wie komme ich dran?
  12. Detailansicht für Treffer 12 öffnen
    scDAC: deep adaptive clustering of single-cell transcriptomic data with coupled autoencoder and Dirichlet process mixture model.
    An, S ; Shi, J ; et al.
    In: Bioinformatics (Oxford, England), Jg. 40 (2024-03-29), Heft 4
    academicJournal
    Wie komme ich dran?
  13. Detailansicht für Treffer 13 öffnen
    EpiCarousel: memory- and time-efficient identification of metacells for atlas-level single-cell chromatin accessibility data.
    Li, S ; Li, Y ; et al.
    In: Bioinformatics (Oxford, England), Jg. 40 (2024-03-29), Heft 4
    academicJournal
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  14. Detailansicht für Treffer 14 öffnen
    scBOL: a universal cell type identification framework for single-cell and spatial transcriptomics data.
    Zhai, Y ; Chen, L ; et al.
    In: Briefings in bioinformatics, Jg. 25 (2024-03-27), Heft 3
    academicJournal
    Wie komme ich dran?
  15. Detailansicht für Treffer 15 öffnen
    CPPLS-MLP: a method for constructing cell-cell communication networks and identifying related highly variable genes based on single-cell sequencing and spatial transcriptomics data.
    Zhang, T ; Wu, Z ; et al.
    In: Briefings in bioinformatics, Jg. 25 (2024-03-27), Heft 3
    academicJournal
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  16. Detailansicht für Treffer 16 öffnen
    BERMAD: batch effect removal for single-cell RNA-seq data using a multi-layer adaptation autoencoder with dual-channel framework.
    Zhan, X ; Yin, Y ; et al.
    In: Bioinformatics (Oxford, England), Jg. 40 (2024-03-04), Heft 3
    academicJournal
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  17. Detailansicht für Treffer 17 öffnen
    Normalizing need not be the norm: count-based math for analyzing single-cell data.
    Church, SH ; Mah, JL ; et al.
    In: Theory in biosciences = Theorie in den Biowissenschaften, Jg. 143 (2024-02-01), Heft 1, S. 45-62
    academicJournal
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  18. Detailansicht für Treffer 18 öffnen
    scTOP: physics-inspired order parameters for cellular identification and visualization.
    Yampolskaya, M ; Herriges, MJ ; et al.
    In: Development (Cambridge, England), Jg. 150 (2023-11-01), Heft 21
    academicJournal
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  19. Detailansicht für Treffer 19 öffnen
    CIARA: a cluster-independent algorithm for identifying markers of rare cell types from single-cell sequencing data.
    Lubatti, G ; Stock, M ; et al.
    In: Development (Cambridge, England), Jg. 150 (2023-06-01), Heft 11
    academicJournal
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  20. Detailansicht für Treffer 20 öffnen
    A scalable sparse neural network framework for rare cell type annotation of single-cell transcriptome data.
    Cheng, Y ; Fan, X ; et al.
    In: Communications biology, Jg. 6 (2023-05-20), Heft 1, S. 545
    academicJournal
    Wie komme ich dran?
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